Da Arpi, città famosa al tempo dei Romani, Foggia trasse le sue prime origini, ma non l’onore di essere sede vescovile, come lo era stata Arpi, sin dal II-IV secolo. Infatti tra i padri del Concilio di Arles nel 314, era presente anche Pardo, vescovo di Arpi.

Le petizioni alla Santa Sede perché Foggia diventasse Sede Vescovile risalgono al XII secolo e sono ripetute fino al XVIII secolo. La prima domanda la fece re Tancredi nel 1190 a papa Clemente II e a Celestino II; le ultime sono di re Ferdinando I e di Mons. Antonino Monforte a Pio VII, e di Ferdinando II a Pio IX, nel 1854. Il 25 giugno 1855 il papa Beato Pio IX, con bolla pontificia “Ex hoc Summi Pontificis” erigeva la diocesi di Foggia, dichiarandola immediatamente soggetta alla Santa Sede.

Il 2 febbraio 1856, Mons. Innocenzo Iannuzzi, vescovo di Lucera, suddelegato dal Nunzio Apostolico presso il Re di Napoli, Mons. Innocenzo Ferrieri, in cattedrale proclamò ufficialmente l’istituzione della nuova diocesi, il cui primo vescovo venne eletto da Pio IX il 24 febbraio 1856, nella persona di Bernardino Maria Frascolla del clero di Andria.

Al tempo della sua istituzione la Diocesi di Foggia contava circa 50.000 abitanti e otto parrocchie, di cui cinque a Foggia (Cattedrale, S. Giovanni Battista, S. Francesco Saverio, S. Tommaso, S. Michele Arcangelo) e tre a S. Marco in Lamis (Collegiata, S. Antonio Abate, S. Bernardino).

Il 30 aprile 1979, Giovanni Paolo II, in seguito alla soppressione della Regione Beneventana, istituì la nuova Provincia Ecclesiastica di Foggia; e Foggia, dopo 124 anni dalla sua erezione fu elevata a Sede Arcivescovile metropolitana con sette diocesi suffraganee (Manfredonia-Vieste, Troia, Lucera, San Severo, Bovino, Cerignola e Ascoli Satriano).

Il primo Arcivescovo Metropolita fu Mons. Giuseppe Lenotti che ricevette il pallio metropolitano dal Nunzio Apostolico nella Cattedrale di Foggia alla presenza dei vescovi delle diocesi suffraganee.

Il 30 settembre 1986, con decreto della Congregazione dei Vescovi l’Arcidiocesi Metropolitana e l’antica diocesi di Bovino vengono unificate nella nuova Arcidiocesi Metropolitana di Foggia-Bovino, avendo come diocesi suffraganee: Manfredonia-Vieste-S.Giovanni Rotondo, Lucera-Troia, San Severo, Cerignola-Ascoli Satriano. 

Il nuovo Arcivescovo di Foggia-Bovino è mons. Salvatore de Giorgi, cardinale di Santa Romana Chiesa.

Fa visita all’arcidiocesi e alle diocesi di Capitanata S.S. Giovanni Paolo II dal 24 al 26 maggio 1987. 

La chiesa di Foggia-Bovino celebra il suo primo Sinodo diocesano nel 1998-1999, per intuizione dell’Arcivescovo mons. Giuseppe Casale.

Il 18 giugno 2016, presso il Santuario dell’Incoronata di Foggia, viene dichiarata beata la venerabile Madre Celeste Crostarosa, sepolta nel monastero del SS. Salvatore, dal Cardinale Angelo Amato, delegato da Sua Santità Papa Francesco.